【JASN】 ラットにおける全14個の尿細管セグメントの定量的プロテオミクス。

Limbutara K et al.
J Am Soc Nephrol. 2020 May 1. pii: ASN.2020010071. doi: 10.1681/ASN.2020010071.
背景：以前の研究では、顕微解剖腎細管または腎臓尿細管上皮細胞の種類ごとにプロファイル遺伝子発現に腎臓から単離された単一細胞で使用されるRNA配列を有しています。しかし、蛋白質、ないのmRNA分子は、ほとんどの細胞機能を仲介するので、機能を理解するためのIDと各タンパク質種の量を知ることが望ましいです。質量分析計の感度における最近の改善は私達のラットから14個の異なる尿細管セグメントのそれぞれで発現されるタンパク質を定量する能力を提供します。方法：我々は、手動でラット腎臓から腎臓細管を解剖し、タンパク質の質量分析に試料を供しました。我々は、細胞あたりの各タンパク質の分子の数を推定するために、「プロテオミクス定規」技術を使用していました。結果：44個のサンプルは分析上、セグメント当たりの定量タンパク質の平均数は、各セル内のタンパク質分子の少なくとも99％を占め、4234でした。私たちは、ウェブサイトアトラス尿細管式（https://esbl.nhlbi.nih.gov/ktea/）からオンラインで公に入手可能なデータを作ってきました。多くの一般的に研究された水と溶質輸送タンパク質や代謝酵素のための尿細管に沿ってタンパク質の存在量は、データの全体的な信頼性を実証し、前に局在化研究からの期待と一致しました。サイトは、我々は腎尿細管に沿って発現される細胞型特異的転写因子を同定するために使用される「相関タンパク質」機能を備えています。結論：我々が同定および定量化タンパク質は、ラット腎臓細管の14個のセグメントのそれぞれで発現され、我々はオンライン情報リソース、腎臓の尿細管発現アトラスを作成するために、得られたプロテオームデータを使用します。このリソースは、ブラウズ、セグメント特異的タンパク質発現データに世界中でユーザーを許可すると、自分の研究のためにそれらをダウンロードします。
URL: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/32358040